Перед началом игры нужно выбрать параметры для процедурной генерации мира. Игрок может ввести в специальном поле начальное значение для генератора псевдослучайных чисел, позволяющего создавать уникальные миры, или оставить его пустым. В таком случае игра сделает это автоматически, используя для начального значения время на системных часах. Два мира, созданные с одним и тем же, будут одинаковы. Далее игрок может настроить игровые правила и выбрать тип мира: например, или , с огромными горами. По умолчанию создаётся мир со множеством различных биомов относительно небольшого размера, но игрок может выбрать тип мира с биомами, увеличенными в 16 раз.
Игровой мир состоит из расставленных в фиксированном порядке кубов (блоков) и практически не имеет ограничений в пространстве. В Minecraft нет каких-либо конкретных целей или сюжета — всё строится на том, чтобы игрок импровизировал во время игры. В целом игра строится на добывании и размещении блоков, — различающимися между собой текстурой, физикой и другими признаками, — и создании предметов из ингредиентов. Возможность сооружать различные конструкции делает Minecraft схожей с конструктором Lego.
Игровой персонаж (Стив или Алекс) появляется на поверхности земли в случайном биоме — в горах, лесу, равнинах или пустыне и так далее — без каких-либо предметов, но игрок может делать их по мере прохождения игры. По умолчанию игрок управляет персонажем в режиме от первого лица, но он также может переключиться на режим от третьего лица. У персонажа есть инвентарь для хранения и использования предметов. В нижней части экрана расположены очки здоровья, сытости и опыта и панель быстрого доступа. Очки здоровья теряются, когда персонаж получает урон от атак противников или от падения с большой высоты, а очки сытости — при выполнении определённых действий. Если очки сытости закончатся, то очки здоровья начнут постепенно теряться, поэтому персонаж должен периодически есть пищу. Очки здоровья медленно восстанавливаются при достаточном количестве очков сытости. Очки опыта нужны для нанесения чар на различные предметы. Их можно пополнить, например, при убийстве существ или добывании определённой руды.
Помимо игрового персонажа, в Minecraft есть ещё неигровые персонажи (мобы): дружелюбные, нейтральные и враждебные. Появление тех или иных мобов зависит от времени суток. В Minecraft игровые сутки длятся 20 минут реального времени.
В Minecraft есть два параллельных измерения: Незер и Энд — измерение с уникальными биомами, мобами и ресурсами. Оно опаснее и враждебнее по отношению к игровому персонажу, чем обычный мир, и требует от игрока хорошей подготовки. В Незере игрок может построить тотем из блоков, добытых в этом измерении, чтобы призвать одного из боссов Minecraft — Визера. Энд — мрачное пустынное место, где расположено множество парящих в пустоте островов. На центральном из них обитает Эндер-дракон — финальный босс игры. Чтобы попасть в Энд, игрок должен найти под землёй крепость с порталом. Это можно сделать самостоятельно, либо же с помощью очей Эндера— особых предметов, указывающих направление к крепости. Око Эндера создаётся из Эндер-жемчужин, получаемых при убийстве эндерменов — существ, нейтральных по отношению к игровому персонажу до тех пор, пока он на них не посмотрит. После убийства Эндер-дракона игроку будет показана Поэма Энда — завершающий рассказ, представляющий собой философский диалог между двумя оппонентами. На этом игра не заканчивается — после окончания Поэмы Энда персонаж вернётся в обычный мир.